Озеро Ханка
является самым большим пресноводным водоемом на востоке Азии,
с площадью зеркала равной 4070 кв. км, длиной - 87 км и максимальной шириной - 67 км.
Его средняя глубина составляет 4,5 м, а наибольшая - 10,6 м.  

 Для озера характерны значительные многолетние циклические колебания уровня воды, амплитуда которых достигает 210 см.

Причина столь значительных колебаний уровня воды, вероятно, кроется в ритмичной интенсивности муссонной циркуляции, определяющей степень увлажнения южных районов Приморья (Васьковский, 1978). В результате этих процессов площадь водной поверхности озера может меняться от 400 до 500 тыс. га, составляя при среднем многолетнем уровне воды 4070 км2.

В те годы, когда выпадает значительное количество осадков, вода из озера переливается через береговые валы и затапливает пойменную часть низменности.

Периодические изменения уровня воды в озере приводят к весьма значительным циклическим изменениям в экологической обстановке, в разных фазах благоприятствуя то одним, то другим группам животных и растений, обитающим или произрастающим в наиболее пониженных частях ханкайской котловины.

Объем воды в оз. Ханка колеблется в пределах от 12,7 до 22,6 км3.

Другие озера дельты – отмежевавшиеся заливы Ханки с изрезанными низкими сплавинными берегами.

На Приханкайской низменности имеется значительное число озер. Некоторые из них являются лагунами, расположенными в приустьевых частях рек.

Наиболее крупные из них: оз. Тростниковое (площадь 22,8 км²), оз. Протока (5,37 км²) и оз. Крылово (1,35 км²).

Пойменные озера подразделяются на старицы и притеррасные озера родникового питания. Они расположены в поймах рек, имеют различные размеры.

Глубина от 0,5 до 2,5 м, дно обычно ровное, песчаное со слоем ила в 20-50 см. Вода без гумуса, берега низкие, заболоченные, поросшие тростником и диким рисом. Водная растительность обильная и разнообразная.

В период паводков многие озера заливаются.

Плавневые озера подразделяются на озера среди плавней и собственно плавни, а также мочажины.

Они представляют собой остатки глубоких заливов Ханки. Часто располагаются группами. Некоторые озера образовались на местах выгорания участков торфа. Постепенно эти озера зарастают, разбиваются на более мелкие. Тип зарастания прибрежно-зональный, сплавинный.

Искусственные водоемы представлены оросительными и осушительными каналами.

Оросительные каналы заполняются водой только в летнее время, в осушительных каналах вода может стоять круглый год.

Оз. Ханка имеет 16 притоков: 7 крупных рек - Тур (старое название Турга), Комиссаровка (Синтухе), Ново-Троицкая (Маньчжурка), Мельгуновка (Мо), Рисовая (Хантахеза), Илистая (Лефу), Спасовка (Сантахеза) - и 9 небольших речек.

Из Ханки вытекает лишь одна река Сунгач (Сунгача), которая и соединяет озеро с р. Уссури, южным притоком Амура. 

Все реки с извилистым медленным течением, заболоченными берегами, начинаются или в окружающих сопках или же из соседних болот.

Верхнее течение, имеющее наиболее горный характер, имеют лишь Комиссаровка и Мельгуновка, стекающие с Восточно-Маньчжурских гор, и Илистая и Спасовка, берущие начало в предгорьях Сихотэ-Алиня.